怀孕41天出现褐色分泌物的症状可能与异位妊娠、先兆流产和孕激素波动等因素有关。要确诊具体的病因，需要到正规医院接受一系列检查。

1、异位妊娠

异位妊娠是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床。在这种情况下，胎囊无法正常发育和生长，可能引发剧烈的宫缩和异常内膜脱落。孕妇可能在早期妊娠时出现阴道出血、下腹坠痛等异常症状。

2、先兆流产

怀孕的早期，一些女性可能由于卵巢黄体分泌功能障碍而导致体内黄体酮等孕激素分泌不足。这可能导致胎儿出现先兆流产的迹象，从而引发带有血丝或淤血的阴道分泌物。

3、孕激素波动

女性成功受孕后，体内的孕激素水平会显著升高。子宫内膜受到激素影响，可能导致脱落。这可能导致阴道分泌物呈褐色。然而，相对于正常月经而言，由此引起的血量较少且持续时间较短。