对于处于生育年龄的女性，如果她们经历了性加剧的痛经或有不孕的历史，妇科检查可能会发现盆腔内有不活动的包块或痛经结节，这可能初步提示患者患有盆腔子宫内膜异位症。此外，实验室检查和特殊检查方法也可用于确诊。

实验室检查方面，可以通过血清CA125癌非抗原测定来检测CA125的值，若升高则可能存在问题。另外，抗子宫内膜抗体也是子宫内膜异位症的标志性抗体，通过血清抗子宫内膜抗体的检测可以有效地诊断和观察子宫内膜异位症患者的治疗效果。

在影像学检查方面，B型超声检查可以确定囊肿的位置、大小、形状，并能发现在妇科检查中未能触及的包块。另外，腹腔镜检查通过直接观察盆腔，可以发现异位病灶并进行活检以确诊，根据镜检结果还可以确定盆腔子宫内膜异位症的临床分期和制定相应的治疗方案。此外，放射性检查也可以采用盆腔充气造影或子宫输卵管碘油造影的方式，以辅助诊断盆腔子宫内膜异位症。