20世纪70年代初，医学家就建立了检测甲肝病毒HAV和乙肝病毒HBV的方法，并对献血者进行了乙肝病毒HBV的的常规筛选检查，但临床上仍然发现一种与输血有关的特殊肝损伤因子，被命名为“非甲非乙型肝炎”。1989年美国应用分子克隆技术，获得珍贵的病毒基因克隆，将其命名为“丙型肝炎病毒”HCV，这使输血后肝炎病原研究获得突破。

丙型肝炎流行病学特点与乙型肝炎相似，丙肝病毒HCV在血液中数量极少。

丙肝病毒分为若干个基因型和亚型。一般分为6型。基因型分布具有明显地域性。中国大陆北方以2a型为主,南方以1b型为主。基因型和治疗效果相关，一般来说2型和3型明显好于1型。

丙肝病毒为含脂质外壳的球型病毒，具有囊膜和刺突结构，主要在肝细胞内复制。研究还发现，丙肝病毒有一个多变异性特点，同型各株之间，甚至同一患者不同时期病毒亦有差异。