试管婴儿移植后停药的第二天出现少量出血可能由生理或病理因素引起。这种出血可能是由胚胎着床引起的生理现象，当胚胎接触到子宫时，少量出血是正常的，通常无需过度担心。

然而，也有可能是由病理因素导致的，如尿道黏膜受损或膀胱炎等情况。如果使用的药物对尿道造成刺激，可能会导致尿道黏膜受损并出血。在医生的指导下，可以采取针对性治疗，如服用盐酸双氯芬钠胶囊或布洛芬缓释胶囊等药物。

另外，如果在胚胎移植后没有正确护理，可能会导致病原体侵入膀胱，引发膀胱炎。在医生的指导下，可以服用盐酸克林霉素片或盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。

除了上述原因外，阴道炎、盆腔炎和子宫内膜炎等情况也可能导致出血。建议及时就诊以避免延误最佳治疗时机。