肛瘘的症状表现是流脓和脓血不断地从肛门周围皮肤上的疮口流出，就像破房子经常漏水一样，我们的祖先就把这种病命名为瘘。瘘是人体腔内和体外有两个互通疮口的管道，它可以由体内向体外漏分泌物和脓液，严重的肛瘘可见粪便流出。肛瘘患者都有自己切身的体会与痛苦。一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。

首先是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。

其次由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。

大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。