早上醒来时咳嗽并有痰可能与生理或病理原因有关。其中，生理原因包括体位改变引起的呼吸道分泌物积聚。当我们在平卧状态下睡眠时，呼吸道中的分泌物较容易积聚。而一旦改变体位，身体的自我保护机制就会被唤醒，引发咳嗽和咳痰等症状。如果没有其他异常表现，通常无需特殊治疗，适当休息后症状会缓解。

病理性原因包括以下两种：

1. 过敏性咳嗽：对过敏原如粉尘或尘螨等敏感的人容易引发咳嗽、多痰和呼吸急促等症状。治疗期间，根据医生建议使用氯雷他定片、醋酸地塞米松片、盐酸西替利嗪片等药物，并避免接触过敏原。

2. 咳嗽变异性哮喘：在吸入冷空气、花粉等过程中或剧烈运动后，气道会处于高反应状态，引起气道充血、水肿等情况，并产生大量炎性分泌物，导致咳嗽和痰液增多。建议咨询医生并使用沙美特罗替卡松气雾剂、阿莫西林胶囊、布地奈德福莫特罗粉吸入剂等药物进行治疗，并给予适当的护理。

此外，这些症状也可能与慢性支气管炎等疾病有关。患者需要注意居室环境的卫生情况，合理安排饮食，并减少辛辣和刺激性食物的摄入。