颅咽管瘤是一种位于颅内的良性肿瘤，但由于其深藏于中颅底的鞍区，周围环绕着重要的神经结构，并且肿瘤本身较为坚硬且存在钙化，完全切除十分困难，手术风险较高。

因此，手术后可能出现多种后遗症。若手术干扰到视神经视交叉，可能导致视力障碍、视力减退和视野缺损。

若手术干扰到大脑垂体，可能导致大脑垂体功能低下、内分泌功能紊乱，甚至出现尿崩症和中枢性电解质紊乱。手术中损伤到海绵窦可能导致无法控制的严重出血。