首先外用药物的治疗，对于治疗扁平疣而言，使用外用药物有很多选择，首先是抗病毒的药物，如大家耳熟能详的阿昔洛韦软膏、喷昔诺韦乳膏等，但是单用这类软膏很难将扁平疣去除，在晚间的时候加入抗角化的软膏，用抗角化的软膏涂抹在扁平疣上，然后再用保鲜膜封包，这样皮损就会变薄，白天再加上抗病毒软膏，这样就更容易吸收，并且起到事半功倍的效果。

其次还会用一些干扰素，这一类改善皮肤免疫的外用药膏来做治疗，现在还有更多的治疗扁平疣的药物，如斑蝥素乳膏，该药膏比较强效，一定要在医生的指导下使用，还有鸦胆子油等等，这类传统的中医药方面的药物。

除了外用药物以为，我们还有系统用药，也就是口服用药，如果是针对复发的难治扁平疣，可以考虑肌肉注射干扰素等，这类改善全身免疫功能的药物，来达到治疗的作用。

除了吃药和用药以外，皮肤科还有物理治疗，比如说液氮冷冻，将液氮喷在扁平疣上，让它起泡结痂然后脱落，或者是做激光、二氧化碳激光、微波等等，这些都是可以将长在皮肤表面的扁平疣去除掉，当然无论是哪一种方法，都需要在医生的指导下操作，并且术后做好皮肤的修复工作。