1、免疫：一些免疫学的研究观察到本症细胞免疫功能降低，而体液免疫指标(IgM、IgA、IgG)升高，口腔溃疡是程度较轻的自身免疫病。

2、情绪：近一半多口腔溃疡的病因与情绪有关，交感神经兴奋，于是产生了唾液分泌的暂时抑制，唾液中的多肽生长因子降到最低浓度，上皮细胞生长节奏变慢，而脱落速度不变，导致了不定位的糜烂面，随情绪的调整，唾液分泌功能的恢复，就出现了自愈。情绪的再波动，导致口腔溃疡复发。

3、遗传：双亲患有口腔溃疡对子女发病的影响，父母双方均患口腔溃疡的子女发病率为54%～90%;双亲中一方患病的子女发病率为33%～60%。双亲都不患病的子女发病率仅为6.5%～23%。调查的结果显示了口腔溃疡的的病因有遗传性。

4、吸烟：因吸烟能使口腔黏膜上皮角化程度增加，从而对抗溃疡的病因。

5、维生素：国外有作者研究发现食物中缺乏维生素、B12、叶酸、钙、铁等与阿弗它溃疡有关。同时发现谷物过敏性肠病易诱发维生素B族、叶酸吸收不良，导致阿弗它溃疡。

6、内分泌变化：部分女性病人发病与月经周期、妊娠及哺乳期有关。经前期精神紧张是发复发性口腔溃疡的病因。