肚脐左侧夜间疼痛醒来可能是由于结肠炎、胃炎、输尿管结石等原因引起的。患者可以通过一般治疗、药物治疗和手术治疗等方法来改善症状。以下是具体分析：

1. 结肠炎：

结肠炎通常是由于细菌或原虫等微生物引起的过敏反应。这可能导致腹痛、腹泻等症状。在结肠炎发作时，疼痛可能会辐射到肚脐区域。患者可以按医嘱使用奥沙拉秦钠胶囊、美沙拉嗪肠溶片等药物来改善症状。

2. 胃炎：

胃炎是消化系统中较为常见的疾病之一。如果患者在晚上临睡前摄入过多刺激性食物或过度进食，可能会引发胃炎。由于胃位于腹部的左侧，胃炎发作时可能会引起肚脐周围的疼痛。患者可以按医嘱使用奥美拉唑肠溶片、阿莫西林胶囊、多潘立酮片等药物来改善症状。

3. 输尿管结石：

输尿管结石通常在肾脏内形成，并降至输尿管并停留在狭窄部位，导致患者出现输尿管疼痛、腰部或上腹部剧烈疼痛以及肚脐左侧疼痛等主要症状。患者可以按医嘱采用体外冲击波碎石术、输尿管镜取石术等手术治疗方法。

除了上述原因外，肚脐左侧夜间疼痛还可能与急性胰腺炎、肠炎、盆腔炎等原因有关。患者可以前往医院进行详细检查，明确病因，并进行因果治疗。