通常情况下，如果在军训期间出现下蹲时膝盖疼痛的情况，可能是由于生理或病理因素引起，例如骨质增生或滑膜炎等，因此需要积极进行治疗。具体如下：

一、生理因素

如果在军训期间进行了大量活动，肌肉内会产生大量乳酸，从而导致酸痛感。通过充分休息和局部按摩可以缓解这种情况，通常不需要特殊治疗。

二、病理因素

1. 骨质增生

如果膝盖部位本身存在骨质增生，刺激骨质增生会引起周围组织疼痛。可以通过局部热敷或微波治疗来改善症状。在严重情况下，可能需要进行骨质增生手术。

2. 滑膜炎

滑膜炎是滑膜组织发生炎症的情况。如果在军训期间受到部位创伤，可能会引起膝盖部位的滑膜炎，导致剧烈疼痛，尤其在屈膝时症状会加重。在医生指导下，可以使用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片、滑膜炎颗粒等药物进行治疗。

除上述原因外，还可能由于腰椎间盘突出症、类风湿关节炎、痛风等原因引起。由于每个人的病因不同，因此治疗方法也会有所差异。建议及时就医进行相关检查，明确病因后积极进行治疗。