新生儿在3个月大时半夜2点才入睡，这种情况通常被认为是异常的，需要根据具体情况进行分析和判断。导致新生儿在半夜2点才入睡的原因可能包括生物钟紊乱、钙缺乏以及其他疾病等。根据不同的情况，可以采取调整睡眠状态、药物治疗等措施来进行治疗。

1. 生物钟紊乱

新生儿半夜2点才入睡可能是因为他们的睡眠模式不规律，没有养成固定的睡眠习惯，导致生物钟紊乱，进而导致半夜才能入睡。可以通过调整新生儿的睡眠状态、增加白天活动量、调整饮食结构以及建立规律的生活习惯来治疗。在医生的指导下，还可以考虑服用适当的药物。

2. 钙缺乏

另一个可能的原因是新生儿摄入钙量不足、钙吸收障碍或消化不良等。缺钙可能会使新生儿的大脑兴奋性增强，从而导致这种情况的发生。可以通过增加摄取含钙丰富的食物，如配方奶粉等来缓解。同时，积极就医，在医生的指导下进行相关治疗。

3. 其他疾病

新生儿在半夜2点才入睡也可能是因为腹泻、发烧等其他疾病所致。应该密切观察新生儿的状况，及时就医进行相关检查，在医生的指导下服用适当的药物，如蒙脱石散、乳糖酶等，及时补充液体，并注意调整饮食结构和维持规律的生活。

新生儿在3个月大时半夜2点才入睡的原因有很多，应该及时就医进行相关检查，明确诊断，并在医生的指导下进行相关的病因治疗。同时要注意规律的饮食，补充营养，调整睡眠状态，保持规律的生活。