灰指甲导致的长肉内生疼痛可能源于修剪不当或灰指甲感染引发的炎症等原因。针对这种情况，可以采取一些方法进行治疗，例如穿着舒适的鞋子、保持足部的清洁和干燥，以及使用药物。下面对这些方法进行具体分析：

1. 修剪不当

如果修剪不当，会导致灰指甲长入肉里。要处理这种情况，首先需要对指甲部位进行消毒，并确保指甲刀也经过消毒。然后，将指甲刀缓慢地伸入指甲和肉之间，将指甲微微向上抬起，然后剪掉长在肉里的指甲。这样可以缓解指甲入肉的情况。

2. 保持足部清洁干燥

灰指甲是由真菌感染引起的，如果感染严重，可能会导致炎症、疼痛和不适。保持足部清洁和干燥可以减少灰指甲感染的风险，并且有助于缓解疼痛和不适的症状。

3. 使用药物治疗

在医生的指导下，可以使用抗真菌药物治疗灰指甲，以减轻炎症和疼痛。常见的药物包括氟胞嘧啶片、制霉菌素片、氟康唑胶囊等。

此外，如果灰指甲严重影响生活质量，可以考虑在医生的指导下进行手术切除。如果灰指甲长肉内特别疼痛，并伴有其他症状，例如红肿、发热、有脓液等，应及时就医，接受医生的诊断和治疗。