通常情况下，怀孕三个月时出现臀部两侧疼痛可能有生理性或病理性因素导致。具体情况如下所述：

一、生理性因素：

怀孕三个月时，臀部两侧的疼痛可能是由于体内激素水平显著升高，导致局部肌肉松弛所致。这属于正常的生理现象，通常无需特殊治疗。

二、病理性因素：

1.肌肉劳损：

长时间久坐、弯腰动作或长期伏案工作可能导致臀部两侧肌肉紧张，引起肌肉劳损。可以使用热毛巾热敷局部区域，促进血液循环，改善不适症状。

2.缺钙：

胎儿的生长发育速度较快，对钙的需求量较高。如果孕妇没有及时补充足够的钙质，可能会导致肌肉神经兴奋性增加，从而引发臀部两侧的疼痛。可按医嘱使用葡萄糖酸钙口服液、碳酸钙颗粒、乳酸钙片等药物改善症状。

除上述情况外，臀部疼痛还可能是梨状肌综合征引起的。建议及时就诊，明确诊断后采取相应的处理措施。