原发性虹膜囊肿分为三个阶段:

第一阶段，无症状阶段，没有临床症状或视力下降。

第二阶段，刺激阶段，有虹膜炎、畏光、流泪、视力下降的表现。

第三阶段是青光眼，眼睛疼。色素上皮内的虹膜囊肿为褐色圆形或椭圆形囊体，透射试验阳性。它可以位于瞳孔边缘、虹膜的中间边缘或虹膜的边缘。它发生在儿童虹膜囊肿的基质层。囊肿前壁透明，内含液体。部分虹膜囊肿可脱落进入前房、前房角或玻璃体。

继发性虹膜囊肿，如果是外伤植入，囊肿较薄，腔内含有淡黄色液体或小的灰白色、圆形或椭圆形肿块，如珍珠样大小。囊肿通常会增大，这会导致前葡萄膜炎和继发性青光眼。