如果输尿管肿瘤是良性的，可以局部切除，效果较好，术后需要定期复查。

如果是输尿管恶性肿瘤，且肿瘤尚未侵犯输尿管，可进行患肾、输尿管全长及膀胱袖状切除术，术后可进行膀胱灌注化疗，防止肿瘤在膀胱内复发，术后定期检查膀胱镜。一般不需要静脉化疗。

如果肿瘤已经侵犯输尿管，则需要在上述手术后进行放疗和静脉化疗。如果肿瘤种植在膀胱内，还需要经尿道膀胱肿瘤切除术。

输尿管恶性肿瘤大多预后不太好。