自闭症的病因目前还不完全清楚，可能与一些危险因素和自闭症的发病有关。危险因素可概括为遗传因素、感染和免疫因素、孕期物理和化学刺激因素。

对双胞胎的研究表明，单卵双胞胎的自闭症患病率高达60%~90%，而异卵双胞胎没有明显的共病，所以遗传因素是病因。有自闭症的遗传倾向。

孕妇感染病毒后，患自闭症的概率会增加。产生抗体，胚胎从胎盘进入胎儿体内，与胎儿正在发育的神经系统发生交叉免疫反应，干扰神经系统的正常发育。这是感染和免疫的因素。

妊娠早期或孕妇，如果有服用抗癫痫药物、酗酒史或孕早期频繁冷热，以及环境变化等都会增加自闭症的患病率。