共同性内斜视主要与假性内斜视相鉴别，通常是因为内眦赘皮、鼻梁过宽或瞳孔间距过窄，使婴儿看起来像内斜视。角膜反射法和交替遮盖法用于验证眼睛位置没有偏斜。

先天性外展神经麻痹可由先天性外展核发育不全或发育不全引起，也可由出生时外展直肌和外展神经的直接损伤引起。眼球震颤阻滞综合征，先天性冲动性眼球震颤伴内斜视，眼球向内转时眼球震颤消失或减轻，向外转时眼球震颤加重。代偿头位是眨眼凝视，内倾越大，眼震越轻。共同性外斜视主要与假性外斜视、外斜视、动眼神经麻痹和眼球后退综合征相鉴别。

动眼神经麻痹，除了内直肌麻痹引起的外斜视，引起眼球旋转受限外，还会引起眼球上下旋转受限，上睑下垂等。斜视，可能表现为视疲劳，用遮盖法检查，未遮盖的眼睛不动。检查采用交替遮盖法，新露出的眼睛由外向内移动。

眼球后退综合征可为外斜视伴眼球运动时上睑下垂的改变。通常情况下，内翻时眼睑下垂缩小，眼球后退。向外翻时，上睑下垂较大，向内或向外翻的动作受限。