膀胱灌注的副作用分为两个方面:

一方面是膀胱灌注本身的操作引起的副作用。比如导尿可能会造成尿道黏膜损伤或尿道前列腺损伤，导致血尿和剧烈疼痛。术中如果遵循无菌原则，会诱发尿路感染，出现尿频、尿急、尿痛等症状。

第二，药物本身对身体的影响。如果化疗药物的输注时间和保存时间过长。药物通过黏膜渗透到基层，会导致慢性盆腔炎或膀胱挛缩。

如果注射卡介苗，而卡介苗本身就是减毒疫苗。可能出现肺结核、发热、乏力等流感样症状，影响患者生活质量。