两只眼睛的瞳孔大小不一样，可能是以下原因造成的:

1.动眼神经麻痹不完全。动眼神经的作用之一是支配瞳孔的括约肌，使瞳孔保持缩小状态。如果神经被病毒感染或有其他病变，导致一侧神经出现异常，患侧瞳孔会放大，导致双眼瞳孔大小不一。

2.外伤。当患者的眼睛受伤时，可能会导致受影响瞳孔的括约肌异常，从而瞳孔变大，导致两个瞳孔大小不同。

3.魔药。如果将一种使瞳孔收缩或扩大的药物注射到患者眼睛的一侧，也会导致两侧瞳孔大小不同。

如果患者双侧瞳孔大小不一样，需要及时就医，防止因治疗不及时而产生后遗症。