主要是根据肿瘤的分期、病理类型和可清洁性来确定治疗方案。手术是唯一能根治胸腺瘤的治疗方法，适用于ⅰ、ⅱ期和可切除的ⅲ、ⅳ期患者。

胸腺瘤一期定义为纤维镜下完整包膜，包括显微镜下肿瘤浸润，但未突破包膜的标准治疗。是完整切除整个胸腺瘤。这种简单的手术预后良好。

还有第二种定义，就是纤维镜下浸泡的包膜。肉眼可见周围组织受侵或严重粘连纵隔胸膜，包括心包，但尚未穿透。治疗以根治性手术为主，完全切除率接近100%。胸腺瘤三期定义为肉眼可见的邻近器官，如心包血管或肺亲戚。如果可能，仍应寻求根治性手术切除。

定义为胸膜和心包播散、淋巴和血型转移、广泛纵隔金瑞和双侧胸膜积聚的第四期胸腺瘤通常是不可手术的。