怀孕13周时隐隐作痛可能由以下原因引起:

第一，怀孕第13周，子宫会逐渐变大，此时会有轻微的腹痛。这种情况是正常的生理表现，可以继续观察。

第二，怀孕后，饮食上没有特别的禁忌。经常吃生冷、辛辣、油腻的食物，或者吃不卫生的东西，会导致胃痛、呕吐、腹泻等症状。

第三，怀孕期间，如果从事重体力劳动或因工作、家务过度劳累，可能会引起肚子隐隐作痛。

第四，如果孕期剧烈运动或受到外力打击，可能导致先兆流产，导致肚子隐隐作痛、阴道出血等症状。