目前丛集性头痛的具体病因还不是特别清楚。有人认为这种病可能是颅内或颅外脑出血引起的，也有人认为这种病可能是脑血管扩张引起的。丛集性头痛与组织胺关系密切，因为很多人注射组织胺后就会发病，但两者之间的具体关系尚不清楚。现在有人认为这种病可能是遗传诱发的。

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丛集性头痛的原因可能与某些能使血管收缩的药物有关，如麦角胺或去甲肾上腺素，也可能是三叉神经逆行刺激所致。也有人认为这种病是植物神经功能紊乱引起的。

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事实上，丛集性头痛的各种原因都没有得到完全的证实，都是一些根本原因做出的推论或解释。比如，有人认为这种病可以是中枢神经系统功能失调引起的，也有人认为这种病是下丘脑后部自主神经系统功能失调引起的。

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部分丛集性头痛患者通过药物治疗起到了调节5-HT神经的作用，因此也有人认为此病是5-HT神经异常所致。还有人通过提高交感神经兴奋性来缓解丛集性头痛，所以这些人认为丛集性头痛是交感神经兴奋性降低所致。

事实上，丛集性头痛的具体病因目前仍是个谜。没人能彻底搞清楚具体原因。都是根据治疗经验总结然后推测可能的原因。由于丛集性头痛会引起剧烈的头痛，患者平时一定要好好休息，不要过度思考问题，也不要过于焦虑，否则会加重头痛。