治疗不当、身体不好、免疫功能低下、并发感染、夫妻间交叉感染等都会引起沙眼衣原体再次感染，具体如下:

1.皮肤损伤是沙眼衣原体的表现之一，但病根在体内。单一药物治疗容易产生耐药性，不易治愈；在激光、冷冻或电灼等物理治疗过程中，体积较小或生长在隐蔽部位的疣很容易被漏诊，留下复发的隐患。

2.如果患者合并基础疾病，体质差，免疫力低，如果第一次治疗不彻底，患者不配合，非常容易复发。

3.沙眼衣原体感染和乳头瘤病毒潜伏感染的复发原因:亚临床感染和再激活与沙眼衣原体的复发有关。

4.夫妻亲密接触后，会发生交叉感染。所以，沙眼衣原体感染者在完全治愈之前，不要同房，同时要求性伴侣一起治疗。