早上起床腰部两侧酸痛可能有以下原因:

第一，腰肌劳损。可能和长时间坐着站着，长时间弯腰有关系。

第二，腰椎间盘突出。腰椎间盘突出可能会导致腰酸背痛，有的还会出现腿痛酸痛等症状。

第三，泌尿系统结石。比如肾结石、输尿管上段结石，患者可能会出现腰背部两侧疼痛不适的症状。此外，患者还可能出现尿急、尿痛等症状。