阴超在怀孕40天后看不到孕囊有几个原因，如下:

1.可能是月经周期不规律，月经周期特别长。其实宝宝还没40天，你可以再等一周左右去检查阴超。

2.胚胎发育不是特别好，可能还没长出来。建议等十天左右再去医院复查。

3.可能有宫外孕，需要进一步检查血液中的HCG值。出现这种情况，一定要在医生的指导下尽快找出具体原因。如果是宫外孕，要尽早治疗。