三个月宝宝半夜醒来的原因有很多，主要有以下几个方面:

一、三个月大的宝宝半夜醒来，主要是生理因素引起的，如饥饿或夜间排便、尿不湿、渴望被安慰等。，而且很容易半夜惊醒。建议及时改正。

第二，需要警惕环境因素，尤其是环境太吵或者环境温度过高或者过低。建议尽量营造舒适安静的睡眠环境。

第三，我们需要警惕疾病的可能性，尤其是维生素D缺乏性佝偻病。