新生儿吃奶后咳嗽两次，主要由以下原因引起:

1.宝宝喝奶后，口腔有分泌物或奶汁，或者是吞咽不畅引起的咳嗽，不需要特殊处理。

2.注意喂奶，不要让宝宝吃的太快，不要在宝宝哭闹的时候喂奶。而且宝宝吃奶后要给宝宝打嗝，这样会缓解宝宝吃奶后的咳嗽。

3.如果宝宝喝奶后咳嗽两次，并伴有鼻塞、流鼻涕、发热、气短等。，应考虑宝宝患有呼吸道感染或肺炎，应及时治疗，防止病情加重。