药物治疗也是过敏性结膜炎患者的重要组成部分。除了口服消炎药外，还需要局部使用抗组胺药滴眼液，这样综合治疗才能取得满意的效果。色甘酸钠是一种肥大细胞稳定剂，既能治疗该病又能预防其发病，也是临床常用药物。一般情况下，患者通常只有在其他药物无效的情况下才会选择糖皮质激素进行治疗，但我们要考虑其副作用，万不得已时在医生指导下谨慎使用。除此之外，临床上对该病还有脱敏治疗和手术治疗。

对于一些季节性过敏性结膜炎，可以选择脱敏治疗，也能取得较好的效果。冷冻疗法适用于春季角结膜炎，当然心理治疗也不可忽视。由于眼部过敏是一种复发性疾病，很难彻底治疗，因此患者可能会有一定的心理压力，尤其是春季角结膜炎的患儿，容易出现心理障碍。要重视心理咨询。对于过敏性结膜炎，也可选择性使用肥大细胞稳定剂，主要通过抑制细胞膜钙通道，有效阻止肥大细胞膜上抗原和炎症介质的释放。一般情况下，有必要选择性地给予患者色甘酸钠和奈多罗胺等。这些效果都不错，但总体疗效比抗组胺药差一点，而且其疗效的人会慢一些，对于已经发作过的患者治疗效果相对较差。不过这种药没有副作用，所以一般是针对慢性患者的。

过敏性结膜炎也可选择性使用免疫抑制剂治疗，局部可选择性给患者使用环孢素，主要是控制局部炎症，减少激素的使用。但有些患者停药后可能会复发。并且在过敏性结膜炎发作前一般局部涂抹，可有效减少过敏性结膜炎的发作。