三个月大的宝宝晚上睡觉总摇头的原因如下:

1.可能是湿疹引起的。如果头部或颈部有湿疹，就会引起瘙痒。在这种不适的刺激下，可能会出现频繁的摇头。

2.可能是佝偻病引起的。这种病的孩子一般出汗较多，当宝宝头颈部出汗较多时，也可能因为不适而摇头。

3.可能是温暖过度造成的。如果颈部过于温暖，容易出汗，可能会导致这种现象。

平时要让宝宝的环境保持在可呼吸的状态。