新生儿喉咙有痰的原因如下:

1.微生物感染:由于新生儿呼吸防御功能较弱，一旦被病菌、真菌感染，以及衣原体感染、支原体感染后，可出现病理症状，如咳嗽或咽部有痰。

2.湿热:部分新生儿咽部有痰，可能是湿热所致。可能是因为肺功能不足，可以用中药治疗。

3、胃液返流:在给新生儿喂奶时，如果是喂养不当，会形成吐奶，会刺激喉咙，从而引起喉咙里有痰。