运动时耳朵疼主要有以下几个因素:

1.剧烈运动时鼻腔和口咽腔通气，可能导致咽鼓管功能障碍，所以会出现耳朵痛的症状。

2.如果运动时温度比较低，冷空气刺激神经系统后，可能会出现耳朵痛的症状。

3.运动后耳痛也可能与运动不足、缺氧等因素有关。运动时呼吸急促，身体供氧不足也可能引起这种反应。

如果有明显的耳痛症状，需要在医生的指导下使用镇痛药物，如布洛芬。