真菌阴性表示被检部位无真菌，无真菌感染；

但是，也可能出现假阴性，有以下几种情况:

第一，患者在过去一周内使用了抗真菌药物，掩盖了真菌，因此医生在临床检查时可能看不到真菌；

第二，和考试时拿的那部分材料也有关系。就像一些感染红斑的浅表真菌，只有取红斑边缘才能取证。有时候医生取红斑中心，可能不取真菌的部分，所以得不了真菌；

第三，也与医生和显微镜操作者的水平密切相关。有的医生取材料，在显微镜下看，不一定能识别出非典型真菌或不是特别明显的真菌，还有一些漏诊或误诊的病例，都有可能发生。

所以，如果临床上真菌阴性，考虑到真菌感染，建议患者多次采样。在适当和必要的时候，他们可以做真菌培养甚至荧光检查，可以有效提高真菌的检出率，尽量避免漏诊和误诊，帮助患者找到确切的病因。