从睡眠中醒来时眼睛肿胀的原因包括以下几点:

1.蚊虫叮咬:如果蚊虫叮咬眼睑或眼睑周围部位，可能会出现局部过敏和炎症反应，从而导致眼睑肿胀。

2.眼部疾病:如睑缘炎、麦粒肿、霰粒肿、过敏性结膜炎、干眼症等。，由于局部炎症反应，眼睛可能会变得红肿，或眼睛干燥发痒。半夜睡着后，不自觉地揉眼睛，第二天起床，眼睛可能会肿。

3.全身性疾病:如肾脏疾病、心血管疾病等。，会造成体内积水，导致眼皮浮肿。

4.药物因素:如解热镇痛药、抗生素等。，可能会引起体内过敏反应，从而出现眼睑水肿的症状。

5.不良生活方式:如饮水过量、眼睛疲劳、睡姿不当、作息不规律等。，可引起液体回流障碍，从而引起眼睑水肿。

总之，如果感觉眼睛不舒服，要及时去正规医疗机构检查。