百日咳有几种主要的并发症:

第一种是剧烈咳嗽。对于婴幼儿来说，剧烈咳嗽可能会导致缺氧。如果由于通风换气不足，一时无法呼吸，就可能发生窒息，窒息会引起缺氧。

二是由于剧烈咳嗽，可能引起脑部充血或缺血，甚至颅内出血，这一点要注意。

百日咳杆菌第三次感染后，可引起肺炎，甚至重症肺炎，这是常见的并发症，有的感染后可长时间咳嗽，导致气道高反应性和喘息发作。