发病时间长的周期性内斜视，应与以下疾病相鉴别。

1.内斜视虽然周期性内斜视是间歇性的，但它不同于一般的间歇性内斜视，在时间上没有周期性的规律。同时，当疲劳、调节、融合受到破坏时，也不会像间歇性内斜视一样，由内隐倾变为外显倾。

2.循环动眼神经麻痹的主要临床特征是动眼神经的麻痹和痉挛周期性交替出现，其周期极短，通常为数秒至数分钟。眼位向外向下偏转，伴有上睑下垂，瞳孔散大，上眼睑痉挛地抬起或缩小，瞳孔痉挛性缩小，眼位恢复。

3.急性共同性内斜视常突然发病，先有复视，后有内斜视，可表现为内斜视、间歇性内斜视或持续性内斜视。眼球的水平运动是正常的，各个方向的多幅图像之间的距离是相等的，没有周期性的规律性。