树枝状角膜炎是HSK的特征性改变。一旦发现，就可以确诊。但临床上应与以下假性树突状角膜炎相鉴别。

1.水痘带状疱疹病毒引起的假性树枝状角膜炎，病灶较小，分叉处或末端无结节性肿胀。

2.棘阿米巴原虫引起的假性树枝状角膜炎，表现为严重的睫状体充血和眼部疼痛，放射状细胞从中央角膜沿神经分布向周边角膜浸润，称为放射状视神经炎。

3.复发性角膜糜烂有复发的趋势。早上醒来时发病，眼疾加重，下午和晚上缓解。病灶周围无灰白色上皮浸润边缘。

4.戴隐形眼镜引起的假性树枝状角膜炎，双眼均有发生，上皮缺损多位于角膜周边的镜片边缘与角膜交叉接触的位置。

还应与牛痘、腮腺炎等其他原因引起的盘状角膜炎相鉴别。