3个月宝宝摇头，可能是以下原因:

1.维生素D缺乏性佝偻病，除了摇头，还有睡眠不安、容易哭闹、睡眠时出汗、枕头秃等症状。后期骨骼畸形如方头骨、鸡胸、漏斗胸等。

2.湿疹引起的瘙痒，头部、面部、颈部可见斑丘疹，有时脱屑，轻轻触摸后可缓解。

3.其他不适:如发热、出汗、肠胃不适等。

4.有些宝宝偶尔会摇头。