3个月宝宝晚上睡觉总是哭闹，原因如下:

1.可能是消化不良引起的腹痛、腹胀。建议喝温水，脐部顺时针按摩，热敷。如果症状仍然不能缓解，可以去医院做详细检查。

2.可能是缺钙引起的症状。缺钙会导致烦躁不安、容易出汗、枕秃等影响生长发育的现象，需要带去医院做微量元素检测。如果确诊后需要补钙，多晒太阳有助于钙的吸收。

如果宝宝发烧超过38.5℃，应使用退烧药进行治疗，并及时去医院查明具体病因。