龟头炎症和生殖器疱疹是两种不同的疾病，它们在临床上的主要区别如下。

首先，原因不同。龟头炎由多种病原体引起，如常见的细菌、病毒、真菌、滴虫等。阴茎疱疹是由生殖器疱疹病毒感染引起的。

其次，阴茎疱疹主要通过性生活传播，一般传染性很强，在不洁的性生活中容易感染。龟头炎一般不会传染。

最后，药物的治疗和使用也不一样。抗病毒药物，如阿昔洛韦、更昔洛韦等。，主要用于治疗阴茎疱疹，而抗真菌药和抗菌药主要用于龟头。