棘阿米巴巩膜炎多为弥漫性或结节性，可发展为坏死性前巩膜炎，导致巩膜葡萄肿。发病初期有羡慕、畏光、流泪、异物感、结膜囊分泌物、眼部疼痛，并伴有视力下降。50%以上的患者眼部疼痛严重，夜间剧烈，并放射至三叉神经分支。弥漫性前巩膜炎预后相对较好，弥漫性巩膜充血，球结膜水肿，病变易扩散，病变范围局限在60%左右。结节性前巩膜炎可形成绛红色结节，完全不动，质硬触痛。结节与浅层巩膜组织边界清晰，浅层血管由结节撑起。坏死性前巩膜炎具有破坏性，首先表现为伴有急性充血的局限性板层巩膜炎。巩膜表面的片状无血管区是由外层巩膜血管的闭塞性血管炎引起的。无血管区的下巩膜基质水肿。病变可以有不同的进展，某些炎症可以是有限的。多数情况下，该区域的巩膜组织几乎全部坏死，炎症病变发展到眼球两侧，损伤整个前巩膜。巩膜坏死，葡萄膜暴露。如果高眼压长期存在，就会形成巩膜葡萄肿。

棘阿米巴巩膜炎常伴有环状渗出性基质角膜炎。初期表现为永久性或复发性树枝状或点状角膜上皮损害，逐渐发展为基质浸润和沿角膜神经放射状浸润。角膜基质形成炎性浸润环，周围可见白色卫星灶，中央基质似盘状角膜炎，伴有前房积血。偶尔可出现后弹力层皱褶、角膜后KP和反复的角膜上皮剥脱。棘阿米巴巩膜炎病程长，进展慢。大多数患者有严重的眼部疼痛，可能是棘阿米巴的嗜神经性所致。

由于棘阿米巴巩膜炎罕见且常被误诊，即使首先考虑巩膜棘阿米巴感染，诊断仍难以确诊。详细的病史、裂隙灯检查、涂片或活检组织的特殊染色及大肠杆菌无营养培养基培养可作出早期诊断。常规角膜上皮涂片不能发现棘阿米巴或棘阿米巴培养阴性，因为棘阿米巴只存在于角膜基质中。