月经推迟三天，小腹隐隐作痛。其原因如下:

第一，很可能是经前期的临床表现。因为月经前一周左右，女性体内的雌孕激素水平会发生明显的变化，尤其是雌激素水平明显上升，会导致盆腔静脉回流缓慢，水钠潴留全身，子宫和盆腔出现明显的淤血和水肿，可能表现为小腹隐痛。

第二，不排除怀孕的因素。因为女性一旦月经推迟，很可能是怀孕引起的。一旦怀孕，她体内的激素水平也会有明显的变化，子宫和盆腔也会有明显的淤血和水肿，所以也表现为小腹隐隐作痛。

第三，不排除在月经推迟的三天里，急性肠胃炎引起的胃痛是由于饮食不洁或暴饮暴食，或者饮食过于辛辣油腻。

具体是什么还需要进一步检查，尤其是女性的绒毛膜促性腺激素水平。