1.10%KOH湿封检查:取病灶区角膜刮取组织、棘阿米巴培养物或手术取出的角膜材料，涂片或铺片，加入一滴10%KOH溶液，在普通显微镜下清晰显示原虫的双壁包囊。该方法简单、实用，适合基层医院使用。有条件的医院可采用Hemacolor染色、三联染色、Calcoflour white等染色方法进行检查。

2.棘阿米巴培养。将角膜刮取组织置于2%无营养琼脂表面，在接种物表面滴一滴活的或死的大肠杆菌肉汤，置于35℃培养箱中培养。一般3 ~ 7天即可大量繁殖棘阿米巴原虫。倒置显微镜可直接观察到棘阿米巴的滋养体和包囊，以及温蒸馏水中棘阿米巴的棘突。

3.目前，通过免疫荧光技术发现至少有8种棘阿米巴原虫可引起人类角膜炎。不同种类的棘阿米巴抗体可用于间接免疫荧光法鉴定棘阿米巴的种类。目前国内还没有这种抗体。如有必要，可送往美国疾病控制中心(CDC)进行鉴定。

1.病理切片染色检查材料取自环钻钻取的角膜病理组织和手术切除的角膜病理组织，经固定、脱水、上蜡、包埋、切片，然后用苏木精-伊红(HE)或高碘酸-希夫(PAS)染色。以上两种染色方法均可清晰显示角膜内阿米巴包囊。病理检查也可以验证刮除或原虫培养的结果。根据需要和条件，病理切片也可采用姬姆萨、瑞氏、三联、卡尔科弗劳白染法进行诊断。

2.共聚焦显微镜直接检查以上方法均为创伤性诊断技术。为了获取组织，需要在病变部位取，对角膜造成一定损伤。最近共聚焦显微镜可以直接观察AK患者，是一种无创、高对比度、高倍放大的早期诊断方法。它可以在所有角膜层(从上皮到内皮)找到棘阿米巴的图像。有时，你甚至可以找到棘阿米巴原虫的伪足，或者不规则神经肿胀、增厚、边缘粗糙的影像。