试管中胚胎质量差的原因包括以下几点:

1.胚胎来源于精子和卵子的质量。男方需要检查精子DNA片段的完整性，女方需要检查胰岛素抵抗和维生素D缺乏。当女方有胰岛素抵抗和维生素D缺乏，而男方有DFI增加时，胚胎质量会很差。

2.少数患者患有自身免疫性疾病，如严重的子宫内膜异位症。CA125和CA199两项指标偏高，导致卵子质量和胚胎质量下降。

3.老年患者卵子质量差，这是一种比较正常的生理状态。