新生儿在短暂睡眠后醒来的原因包括:

一、新生儿睡眠环境差。由于新生儿对外界环境过于敏感，一旦环境温度过高或过低，睡眠环境中的大噪音、强光刺激等不利因素都会导致新生儿无法安然入睡。

第二，新生儿睡前没吃饱。新生儿如果吃不饱，很容易因为饥饿而无法进入深度睡眠。

第三，新生儿缺钙。新生儿缺钙会导致新生儿大脑和中枢神经系统发育异常，使新生儿中枢神经系统过于兴奋而无法进入深度睡眠。