扁平疣的最佳治疗方法包括物理治疗、激光和药物治疗。

因为扁平疣是一种病毒感染的皮肤病，主要分布在面部和手背，影响美观，所以大部分患者要求积极治疗，但是扁平疣的治疗效果不是很好。

临床上最常用的方法是激光治疗，物理切除，但有复发的可能。还有外用药物，如咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等，可以抑制其增殖。但是上药需要很长时间，坚持治疗需要很大的耐心。

目前还有另一种治疗方法，光动力疗法，可以对亚临床状态的病变进行治疗，所以治疗会更彻底。