泌尿生殖道真菌病的鉴别主要是从常见细菌感染或其他微生物感染引起的泌尿生殖道炎症，主要有两个方面。

一种是常见细菌引起的泌尿生殖道感染，而不是衣原体引起的泌尿生殖系统感染。对于衣原体感染，可以进行分泌物涂片检查。

如果发现包涵体，则确认衣原体感染，同时可以进行pcr，即聚合酶链反应。

如果确认衣原体阳性，可用阿奇霉素对症治疗，一般细菌感染可做尿常规和尿培养检查。

如果证实是普通大肠杆菌引起的，那么可以口服抗生素喹诺酮类或头孢菌素类，而泌尿生殖道真菌病一般是由白色念珠菌感染引起的。

如果在分泌物或尿液培养中发现真菌，可以使用抗真菌药物进行治疗，这是上述研究所最重要的鉴定点。一旦识别清楚，就需要积极的对症治疗。可选择两性霉素B、氟康唑和伊曲康唑作为抗真菌药物进行对症治疗。