扁桃体结石可以通过以下方式清除:

1.扁桃体炎引起的症状比较轻微，结石也比较小。可以在医生的指导下用棉签把结石刮出来。

2.症状很严重。当出现口臭、吞咽疼痛、吞咽困难的症状时，可以去正规医院做扁桃体切除术，改善症状。如果复发，也可以切除扁桃体来改善病情。

3.当伴有局部细菌感染症状时，可在医生指导下服用阿莫西林、甲硝唑等抗生素缓解症状。