男性不育的原因多种多样，极其复杂。有些男性不育患者可能是某些内分泌疾病引起的，有些男性不育患者可能是染色体异常引起的。性功能障碍会导致男性不育，阴茎短小可能导致男性不育，男性性特征退化也会导致男性不育。有些男性不育可能是因为阳痿、早泄，有些则是睾丸疾病引起的，如睾丸萎缩、睾丸炎症甚至睾丸肿瘤。

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有些男性可能天生没有睾丸，所以没有办法正常产生精子，自然男性会不育。当然，如果睾丸发育不全，很容易造成男性不育。许多男性不育疾病都是由精索静脉曲张引起的。这类男性经常感到阴囊疼痛，阴囊上会形成可触及的精索静脉曲张。

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男性不育症也可能是由许多炎症引起的，如肾炎和膀胱炎。生殖器尿道炎也会导致男性不育。为了避免炎症引起的男性不育，要注意卫生，尤其是生殖器卫生，勤换内衣，勤洗澡。

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有些男性不育患者是精神问题引起的。比如精子数量可能不足，今晚可能出现不液化的现象，精子异常率可能过高。这类男性不育患者有两种选择，第一是积极治疗精子质量问题，第二是采用人工授精或试管婴儿进行后代繁衍。

有一个特殊的原因可以导致男性不育，就是男性自己会产生一种精子抗体，这种抗体会杀死自己产生的精子，使精子存活时间很短，从而导致男性不育。