三个月宝宝睡觉摇头与以下因素有关:

首先考虑是维生素D缺乏引起的。宝宝缺乏维生素D会导致神经兴奋性增加，导致睡眠时摇头，甚至枕秃。

第二，如果宝宝头皮有湿疹，可能会出现瘙痒。睡觉时摇头会摩擦头皮，也有止痒的作用。

第三，有些宝宝摇头也可能是因为耳朵里的耳垢引起的耳痛。因为他们还小，很难准确的用手挠耳朵，然后耳朵痒了就会摇头。

三个月宝宝睡觉摇头，家长要注意。建议密切观察原因，采取相应的处理措施。